Sorto per interessamento di Federico da Montefeltro, la cui prima moglie qui si ritirò in clausura nel 1457, il monastero ebbe in Francesco di Giorgio Martini la mente ordinatrice, che ne fece uno dei palazzi più interessanti del Rinascimento urbinate.
L’ingresso attuale corrisponde alla ex chiesa conventuale, a pianta circolare, che venne poi trasformata in mausoleo della famiglia ducale dopo la morte di Francesco Maria I (1538). È sede dell’ISIA (Istituto Superiore Industrie Artistiche).